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Nikon Instruments Europe B.V. | Italia

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Software per l'acquisizione e l'elaborazione di immagini digitali da microscopio

Richiesta di preventivo

Software per l'imaging da microscopio orientato all'acquisizione e al controllo del dispositivo per la applicazioni di ricerca standard che richiedono un imaging a quattro dimensioni.

NIS-Elements BR è dimensionato per gestire le applicazioni di ricerca di base. Pur non disponendo della piena funzionalità del modulo Advanced Research, BR offre la maggior parte delle soluzioni 'total imaging' dei suoi concorrenti più forti. Con BR si può ancora accedere a soluzioni avanzate, di facile uso e con eccellente flusso di lavoro per l'acquisizione, l'archiviazione e l'analisi delle immagini.

BR gestisce con facilità l'imaging multi-dimensionale e ne supporta la cattura, la visualizzazione, la gestione dei dati, l'analisi, le opzioni aggiuntive per il controllo dei dispositivi periferici e l'acquisizione multi-dimensionale. Il modulo 4D realizza acquisizioni in quattro dimensioni all'interno di BR (ad esempio: X, Y, T, λ (lunghezza d'onda) o X, Y, Z, XY (multi-punto)). Offre inoltre opzioni avanzate di elaborazione delle immagini come la funzionalità di banca dati e generazione di rapporti, misura dell'intensità nel tempo e funzionalità di estesa profondità di messa a fuoco.

Il sistema contribuisce all'efficienza dell'esperimento con la sua funzionalità di produzione di un database sviluppata per gestire l'archiviazione, la ricerca e l'analisi di grandi quantità di file di immagini multi-dimensionali.

Caratteristiche salienti

Fotodocumentazione

NIS-Elements rende facile e intuitiva la fotodocumentazione della fluorescenza e del campo chiaro, offrendo estese funzioni di gestione dei dati. L’interfaccia del software è progettata per semplificare il flusso di lavoro e fornisce una rapida acquisizione dell'immagine tramite uno streaming RAM diretto per registrare rapidi eventi biologici. Fornisce un controllo completo sui microscopi motorizzati Nikon e su altri dispositivi con potenti funzioni come il controllo dello zoom collegato alla calibrazione.

Layout interfaccia selezionabile

NIS-Elements è fornito di serie con i layout integrati “Full Screen” e “Docked Controls”. I layout di tutte le finestre e delle barre degli strumenti possono essere personalizzati liberamente dall’utente e salvati. La commutazione tra layout avviene mediante un singolo clic con il pulsante del mouse.

full-screen

Full screen (Schermo intero)

docked

Docked Controls (Controlli ancorati)

Impostazione del colore di acquisizione

La modifica del colore può essere impostata facilmente con la LUT (look-up table). I pixel con colori indicizzati sono mappati in un set selezionato di valori in vero colore. L’istogramma, la soglia, il parametro gamma e la luminosità dei componenti RGB sono regolabili. Le modifiche durante l’elaborazione dell’immagine dal vivo possono essere semplicemente apportate sulla GUI.

color-setting

Gestione dei dati

NIS-Elements include un potente database delle immagini. Il database supporta le immagini e i metadati, consentendo la creazione di modelli di rapporti oppure rapporti in PDF e stampati direttamente. È possibile creare facilmente vari database e tabelle e le immagini possono essere salvate nel database tramite un semplice clic con il pulsante del mouse.

Inoltre, il filtraggio, l’ordinamento e il raggruppamento multiplo possono essere effettuati tramite la funzionalità di trascinamento della GUI. Dettagli, miniature, icone e visualizzazioni a griglia sono disponibili sia per le immagini del database sia per quelle presenti nel file system.

data-management

NIS-Elements utilizza una struttura di documentazione dell’immagine sofisticata che consente di ottenere un’archiviazione non distruttiva dei dati immagine che include annotazioni (frecce, linee, note di testo), dati di misurazione, dati binari per l’archiviazione di risultati di soglia o processi di classificazione e informazioni sui metadati per la registrazione di acquisizioni e le condizioni del dispositivo al momento dell’acquisizione di immagini.

multilayer

La flessibilità nella personalizzazione del software per specifiche applicazioni è possibile grazie ad una semplice registrazione integrata delle macro e al sistema Advanced Macro Builder.

advanced-macro-building

Generazione di rapporti

Il generatore di rapporti consente di creare rapporti personalizzati contenenti immagini, descrizioni di database, dati di misura, testi utente e grafici.
I file in formato PDF possono essere creati direttamente da NIS-Elements.

report-generation

Acquisizione di cellule vive

NIS-Elements esegue esperimenti 6D su cellule viventi rapidamente e senza problemi. Si possono organizzare X, Y, Z, Lambda (lunghezza d’onda) e Tempo in un’unica piattaforma integrale, per un imaging multidimensionale più facile che mai. È possibile selezionare quattro tipi di “dimensioni” di acquisizione: Tempo, Multipunto, Z-serie, Lunghezza d’onda (multicanale).

Struttura del documento multilivello

Ciascun documento (finestre di immagine) è una struttura su tre livelli ed è quindi particolarmente adatto per l'analisi. Il salvataggio di livelli multipli è disponibile nel formato JPEG2000/ND2/LIM.

multilayer

NIS-Elements funziona per tutti i comuni formati di file quali JPEG2000, ND2, TIFF, JFF, JPG, JTF, BMP, LIM, AVI, ICS/IDS. ND2 è un formato speciale per NIS-Elements e consente di memorizzare sequenze di immagini acquisite durante esperimenti ND. Contiene informazioni sulle impostazioni hardware e sulle condizioni e impostazioni dell’esperimento.

Visualizzatore ND (visualizzazione immagine multidimensionale)

I parametri di semplice utilizzo per operazioni su immagini multidimensionali sono situati sulla cornice della schermata.

nd-viewer

Processo

Una volta acquisita un’immagine multidimensionale, è possibile analizzarla tramite le varie funzioni di elaborazione di NIS-Elements.
Processo

multi-dimensional-image

Immagine multi-dimensionale

orthogonal-image

Immagine ortogonale

volume-rendering

Rendering volumetrico

Strumenti ND

Una serie di immagini acquisite ad intervallo di tempo o con la procedura Z-stack possono essere facilmente convertite in formato ND2. Le immagini convertite possono essere visualizzate ed elaborate utilizzando le funzioni specifiche per documenti multidimensionali di NIS-Elements.

nd-tools

Quantificazione dell’immagine

Le innovative funzionalità analitiche di NIS-Elements includono il conteggio di oggetti, misure automatizzate, misure della regione di interesse e misurazioni temporali incluso l''image ratioing' delle immagini multicanale.

Segmentazione dell’immagine

Utilizzando spazi di colore RGB o HSI, NIS-Elements può segmentare l’immagine e creare immagini binarie. Utilizzando l’immagine binaria, la misurazione automatica registra lunghezza, area, angolo e colorimetria.

image-segmentation

Misura automatica

Utilizzando oggetti binari, NIS-Elements può misurare automaticamente serie di parametri relativi a lunghezza, area, densità e colorimetria. È possibile misurare circa 30 diverse caratteristiche di oggetto.

Misura interattiva

La misura viene eseguita, ad esempio, tracciando direttamente due linee parallele sulla schermata. Sono disponibili funzionalità per: tassonomia, conteggi, lunghezza, semiassi, area, angolo o profilo e tutte le statistiche e gli istogrammi prodotti possono essere esportati in MS Excel.

interactive-measurement

Profilo

Sono disponibili cinque possibili misure interattive di profilo: linea libera, linea per due punti, linea orizzontale, linea verticale e polilinea.

profile

Classificatore

Il classificatore consente la segmentazione dei pixel delle immagini a seconda delle diverse categorie definite dall’utente e si basa sulle diverse caratteristiche dei pixel quali valori di intensità, valori RGB, valori HIS o valori RGB che ignorano l’intensità. Il classificatore abilita il salvataggio dei dati in file separati.

classifier

Misura temporale

La misura temporale registra le intensità medie di pixel all'interno di sonde definite durante un intervallo di tempo e può essere eseguita, in tempo reale, sui segnali della camera.

Il software gestisce anche:

  • Fluorofori singoli, doppi e multipli
  • Raziometrico

Misure nel tempo

Le misure non distruttive nel tempo possono essere eseguite sui segnali della camera in tempo reale. La misura temporale registra le intensità medie di pixel all'interno di sonde definite durante un intervallo di tempo. L'analisi può essere eseguita prima o dopo la cattura, con la garanzia che il campione sopravviva dopo l'acquisizione.

Measurements Across Time

Il software gestisce anche:

  • Fluorofori singoli, doppi e multipli
  • Raziometrico

Elaborazione avanzata dell’immagine

Le innovative funzioni di elaborazione dell’immagine di NIS-Elements offrono agli utenti un ulteriore controllo e funzionalità nell’ambito degli esperimenti. Grazie al software possono essere eseguiti con relativa facilità metodi avanzati di visualizzazione, come l’acquisizione di insiemi di dati 3D, l’analisi di insiemi di dati 2D/3D e procedure di unione per la produzione di grandi immagini.

Morfologia

NIS-Elements offre un ricco spettro di funzioni morfologiche matematiche (pulisci, lima, dilata, apri, chiudi, leviga), funzioni di separazione morfologica, funzioni morfologiche lineari, funzioni di riempimento (riempi fori, chiudi fori), funzioni di scheletratura (asse mediale, scheletratura, cesura) e altre funzioni (quali inversione binaria, inviluppo convesso, contorno, scheletratura, marcatura omotopica, zone di influenza, ecc.).

morphology

(originale, contorno, soglia, zone di influenza + sorgente)

Unione di canali

Possono essere unite, semplicemente trascinando un’immagine sull’altra, più immagini mono-canale (acquisite con diversi filtri ottici o con varie impostazioni della fotocamera). Inoltre, le immagini combinate possono essere memorizzate in un file mantenendo nel contempo le profondità di bit originali o, opzionalmente, possono essere convertite in un’immagine RGB

merge-channels

Aritmetica dell’immagine (A+B/A-B/Max/Min)

La funzione 'Aritmetica dell’immagine' di NIS-Elements esegue calcoli sui canali colore di due immagini e crea una nuova immagine che rappresenta una combinazione delle prime due.

image-arithmetic

Unione per la produzione di grandi immagini

NIS-Elements include notevoli capacità per la produzione di grandi immagini mediante 'cucitura'. Ecco come funziona: i campioni vengono scansionati automaticamente mediante un tavolino XY motorizzato con funzionalità di autofocus e le immagini acquisite vengono unite a formare un’unica immagine di grandi dimensioni. Speciali algoritmi assicurano la massima precisione, offrendo immagini ad altissima risoluzione.

image-stiching

EDF (Estesa Profondità di Fuoco)

La estesa profondità di fuoco (EDF) è un software plug-in aggiuntivo per NIS-Elements. Grazie alla funzione EDF, le immagini acquisite con diverso valore di asse Z possono essere combinate per creare un’immagine “all-in-focus”, cioè perfettamente a fuoco. E' Inoltre possibile creare un’immagine in stereovisione e un’immagine della superficie 3D per un’immagine 3D virtuale.

z-stack

Immagine a fuoco creata da una sequenza di immagini Z-stack

virtual-3d

Immagine 3D virtuale

Deconvoluzione 2D in tempo reale

Il modulo di deconvoluzione 2D in tempo reale (da AutoQuant) consente di osservare campioni vivi con un minore offuscamento dovuto al 'fuori fuoco'. Permette di osservare deboli processi biologici che, altrimenti, potrebbero non essere rilevati e incrementa il rapporto segnale/rumore osservato. Disponibile in pile di immagini bidimensionali e tridimensionali.

2d-deconvolution


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