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Logiciel d’imagerie microscopique

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Logiciel d'imagerie microscopique conçu pour l'acquisition et le contrôle de périphériques pour les applications de recherche standard nécessitant une imagerie à quatre dimensions.

NIS-Eléments BR est dimensionné  pour gérer des  applications de recherche fondamentale.  Bien que moins complet que la version  Advanced Research , BR offre la plupart des solutions  proposées par  son homologue plus puissant.  Avec BR, vous avez toujours accès à de la capture d'image avancée, de l'archivage et de l'analyse d’images  faciles à utiliser  qui offrent un maximum d’outils de travail.

BR gère avec facilité l'imagerie multi-dimensions et propose une assistance à la capture, à l'affichage, à la gestion des données, aux  analyses et aussi des options supplémentaires pour le contrôle des périphériques et l'acquisition multi-dimensionnelle. Le module 4D construit  une acquisition à quatre dimensions dans BR. (Par exemple : X, Y, T, λ (longueur d'onde) ou X, Y, Z, XY (multipoint)). Il présente également des options avancées de traitement d'images telles que les fonctionnalités de base de données, la génération des rapports, la mesure de l'intensité au cours du temps et la fonctionnalité d’Extended Depth of Focus.

Le système contribue à augmenter l’efficacité des expériences grâce à une fonction de construction de bases de données développée pour gérer l'archivage, la recherche et l'analyse d'un grand nombre de fichiers images en multi-dimensions.

Caractéristiques clés

Documentation

NIS-Eléments rend la documentation facile, intuitive et offre un grand nombre de fonctions dans la gestion des données. L'interface du logiciel est conçue pour simplifier le flux du travail et offre des vitesses d'acquisition rapide d'image via un flux de RAM direct pour enregistrer des événements biologiques rapides. NIS-Eléments permet d'avoir un contrôle total sur les microscopes motorisés Nikon et d’autres systèmes  ayant des  fonctions puissantes comme un contrôle du zoom lié à la calibration.

Agencement de l’interface 

NIS-Eléments est livré avec des interfaces définies «Plein écran» et « Fenêtres de contrôles attachées». Pour autant, les dispositions de toutes les fenêtres et des barres d'outils peuvent être librement personnalisées et sauvegardées par l'utilisateur. La sélection d’une interface se fait par un simple clic de souris.

full-screen

Plein écran

docked

Fenêtres de contrôles attachées

Paramètre d'acquisition  couleur

La modification de couleur peut être facilement réglée avec LUT (table de conversion). Les pixels de couleurs indexées sont mappés en un ensemble sélectionné des valeurs des couleurs vraies. L'histogramme, le seuil, le paramètre gamma, et la luminosité des composantes RGB sont réglables. Les modifications sur le traitement d'images en direct peuvent être facilement accomplies sur l'interface graphique.

color-setting

Gestion des données

NIS-Eléments intègre une base de données images puissante. La base de données prend en charge l'image et ses métadonnées ce qui permet aux utilisateurs de créer soit des modèles de rapport soit des rapports directement imprimés ou sous format PDF. Vous pouvez facilement créer différentes bases de données ainsi que des tables. Les images y seront sauvegardées par un simple clic de souris.

NIS-Eléments utilise une structure sophistiquée de documentation de l'image qui permet de réaliser un archivage non-destructif des données associées aux images, à savoir, les annotations (flèches, lignes, notes de texte), les données de mesure, les données binaires pour stocker les résultats des processus de seuillage ou de classification ainsi que les informations des métadonnées qui concernent les informations d’enregistrement d'acquisition et l'état du périphérique au moment de l'acquisition de l'image.

data-management

NIS-Elements uses a sophisticated image documentation structure making it possible to achieve non-destructive archiving of image data including annotation (arrows, lines, text notes), measurement data, binary data for storing results of threshold or classification processes, and meta-data information for recording acquisition and device conditions at the time of image acquisition.

multilayer

La flexibilité à adapter le logiciel à des applications spécifiques est rendu possible par un enregistrement de macros intégrées et par le système de construction de macro avancée.

advanced-macro-building

Génération de rapport

Le Report Generator permet à l'utilisateur de créer des rapports personnalisés contenant des images, des descriptions pour la base de données, des mesures, des textes d'utilisateur et des graphiques.
Les fichiers au format PDF peuvent être créés directement à partir de NIS-Eléments.

report-generation

Acquisition de cellules vivantes

NIS-Eléments réalise rapidement et parfaitement des expériences 6D sur des cellules vivantes. Il organise sur une plateforme unique les paramètres X, Y, Z, Lambda (longueur d'onde) et temps pour faciliter plus que jamais les opérations d'imagerie à plusieurs dimensions. Quatre types de « dimensions » d'acquisition peuvent être sélectionnés : Temps, Multipoints, Série Z, Longueur d'onde (Multicanaux).

Structure du document à plusieurs couches

Chaque document (fenêtre image) est une structure en couche à trois niveaux ce qui est idéal pour l’analyse. La sauvegarde de plusieurs couches est possible dans un format JPEG2000 / ND2 / LIM.

multilayer

NIS-Eléments peut fonctionner avec les formats de fichiers courants tels que JPEG2000, ND2, TIFF, JFF, JPG, JTF, BMP, LIM, AVI, ICS / IDS. ND2 est un format spécial pour NIS-Eléments. Il permet de stocker des séquences d'images acquises lors des expériences ND. Il contient des informations sur les réglages de l’équipement et sur les conditions et paramètres de l'expérience.

Visualisation des ND (Affichage des images multi-dimensions)

Tous les paramètres pour la manipulation d'images en plusieurs dimensions sont situés sur le contour de l'écran.

nd-viewer

Processus

Une fois une image multi-dimensionnelle acquise, elle peut être analysée par l'intermédiaire de plusieurs fonctions de traitement de NIS-Eléments.
Processus

multi-dimensional-image

Images en multi-dimensions

orthogonal-image

Image orthogonale

volume-rendering

Rendu volumique

Outils ND

Il est facile de convertir au format ND2 une série d'images issues d’une acquisition time-lapse ou une pile d’images capturées en Z. Les images converties peuvent être visualisées et traitées en utilisant toutes les fonctionnalités associées à un document multi-dimensions de NIS-Eléments.

nd-tools

Quantification des images

Les fonctionnalités innovantes d'analyses de NIS-Eléments comprennent le comptage d'objets, les mesures automatiques, les mesures de régions d’intérêt et les mesures de temps y compris la séparation des images à plusieurs canaux.

Segmentation des images

À l’aide des espaces colorimétriques RGB ou IHV, NIS-Eléments peut segmenter l'image et créer des images binaires. À l’aide d’une image binaire la mesure automatique enregistre la longueur, la surface, l'angle et la colorimétrie.

image-segmentation

Mesure automatique

À partir des objets binaires, NIS-Eléments peut mesurer automatiquement des paramètres tels que la longueur, la surface, la densité et la colorimétrie. Près de 30 caractéristiques différentes de l'objet peuvent être mesurées.

Mesure interactive

La mesure est effectuée en dessinant, par exemple, deux lignes parallèles directement sur l'écran. Les types de mesures disponibles peuvent être: la taxonomie, le nombre, la longueur, les demi-axes, la surface, l’angle ou le profil et toutes les statistiques et histogrammes issus de ces mesures peuvent être exportés en format MS Excel.

interactive-measurement

Profil

Il existe cinq mesures de profil interactives possibles : ligne libre, ligne à deux points, ligne horizontale, ligne verticale et multi-ligne.

profile

Classificateur

Le classificateur permet la segmentation des pixels de l'image selon différentes catégories définies par l'utilisateur. Cette segmentation est basée sur différentes caractéristiques des pixels telles que les valeurs d'intensité, les valeurs RGB, les valeurs HIS ou les valeurs RGB ignorant l’intensité. Le classificateur permet d'enregistrer les données dans des fichiers séparés.

classifier

Mesure du temps

La mesure du temps enregistre, dans des sondes définies, les intensités moyennes des pixels pendant un intervalle de temps et peut être effectuée sur des signaux en live.

Le logiciel prend également en charge :

  • Fluorophores simples, doubles, multiples
  • Ratiométrique

Mesures au fil du temps

Les mesures non destructives au fil du temps peuvent être effectuées sur les signaux en live .La mesure du temps enregistre, dans des sondes définies, les intensités moyennes des pixels pendant un intervalle de temps L'analyse peut être effectuée avant ou après la capture, avec l'assurance que l'échantillon restera en vie après l'acquisition.

Measurements Across Time

Le logiciel prend également en charge :

  • Fluorophores simples, doubles, multiples
  • Ratiométrique

Traitement d’image avancé

Les capacités innovantes de traitement d'images de NIS-Eléments donnent aux utilisateurs plus de contrôle et de fonctionnalités lors de leurs expériences. Les méthodes de visualisation  avancées comme celle des ensembles de données 3D, l’analyse des sets de données 2D / 3D et une recomposition de grandes images peuvent être réalisées avec une relative facilité à l'aide du logiciel.

Morphologie

NIS-Eléments propose un riche éventail de fonctions de morphologie mathématique (nettoyer, éroder, dilater, ouvrir, fermer, lisser), les fonctions de séparation morphologique, les fonctions de morphologie linéaire, les fonctions de remplissage (remplir les trous, fermer les trous), les fonctions d'ossature (axe médian, squelettisation, taille) et d'autres fonctions telles que: inversion binaire, enveloppe convexe, contour, marquage homotope, zones d'influence, etc.

morphology

(original, contour, seuillage, zones d'influence + source)

Fusion de canaux

Plusieurs images à un seul canal (capturées avec différents filtres ou avec différents réglages de caméra) peuvent être fusionnées en faisant simplement glisser une image sur une autre. De plus, les images résultantes peuvent être stockées dans un fichier tout en conservant leur profondeur de bits d'origine ou éventuellement en les convertissant en une image RGB.

merge-channels

Arithmétique de l'image (A+B/A-B/Max/Min)

La fonction Arithmétique de l’image de NIS-Eléments effectue les calculs sur les canaux de couleur de deux images et créée la nouvelle image résultant des deux images d’origine.

image-arithmetic

 Recomposition de grandes images

NIS-Eléments intègre des possibilités impressionnantes de recomposition de grandes images. Son fonctionnement: des échantillons sont automatiquement scannés à l'aide d'une platine XY motorisée avec une possibilité de mise au point automatique et les images capturées sont réassociées en une seule grande image. Des algorithmes spéciaux assurent une précision maximale fournissant des images à ultra-haute résolution.

image-stiching

EDF Extended Depth of Focus  

Le module EDF (Extended Depth of Focus) est un module de logiciel supplémentaire de NIS-Eléments. Grâce à la fonction EDF, les images qui ont été capturées à différents plans de l’axe Z peuvent être combinées pour créer une image nette. En outre, à partir d’une pile d’image en z, il est également possible de créer une image de stéréo et des images de surface en 3D pour réaliser une image virtuelle en 3D.

z-stack

Image nette créée à partir d'une pile d'images  en Z

virtual-3d

Image virtuelle en 3D

Déconvolution 2D en temps réel

Le module de déconvolution 2D en temps réel (AutoQuant) permet à l'utilisateur d'observer les échantillons en live avec moins de flou provenant du hors-focus. Il permet d’augmenter le rapport signal-sur-bruit observé et de ne pas manquer des processus biologiques peu visibles. Disponible pour des piles d'images en deux et trois dimensions

2d-deconvolution


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