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Microscope Imaging Software

La solución total del software de microscopio que cubre la captura, el almacenamiento y el análisis de imágenes.

Nikon desarrolló el software NIS-Elements AR para los niveles más avanzados de la investigación, a fin de dar al usuario el control completo de todas las funciones del microscopio y la cámara.

El software está orientado a brindar un flujo de trabajo potencial y maximizado. El software controla la captura de imágenes multidimensional a la perfección, con respaldo para captura, visualización, control de periféricos y administración y análisis de datos de hasta seis dimensiones (X,Y,Z, Lambda (longitud de onda), T, punto múltiples). Además ofrece características sofisticadas de procesamiento de imágenes, como un módulo de deconvolución extremadamente potente, una exclusiva capacidad de base de datos con un solo clic y función de profundidad de campo extendida.

El sistema contribuye a la eficiencia de los experimentos con una característica de creación de bases de datos desarrollada para el almacenamiento y la búsqueda de grandes números de archivos de imágenes multidimensionales.

El control unificado del sistema de captura de imágenes completo ofrece a los usuarios una investigación de vanguardia, como imágenes de células vivas.

Key Features

Adquisición de células vivas

El software NIS-Elements realiza experimentos de células vivas en 6D de manera rápida y a la perfección, puede organizar las dimensiones X, Y, Z, Lambda (longitud de onda) y tiempo dentro de una plataforma integral para una captura de imágenes multidimensional más fácil que nunca antes, pueden seleccionarse cuatro tipos de "dimensiones" de adquisición: tiempo, punto múltiple, serie Z, longitud de onda (multicanal).

Captura RAM

La captura RAM permite registrar secuencias que muestran adquisiciones muy rápidas que duran decenas de milisegundos, a través de  una parte de la memoria virtual para almacenar datos temporales de imágenes en vivo.

Ram Capturing

Estructura de documentos multicapa

Cada documento (ventanas de imágenes) es una estructura de tres capas, por lo tanto es ideal para el análisis. Es posible guardar capas múltiples con formato JPEG2000/ND2/LIM.

multilayer

El software NIS-Elements puede funcionar con todos los tipos de formatos de archivo comunes: JPEG2000, ND2, TIFF, JFF, JPG, JTF, BMP, LIM, AVI, ICS/IDS. ND2 es un formato especial para el software NIS-Elements. El formato ND2 permite almacenar secuencias de imágenes adquiridas durante los experimentos de DN. Contiene información sobre la configuración del hardware y las condiciones y ajustes del experimento.

Explorador de DN (visualización de imágenes multidimensionales)

Los parámetros fáciles de uso para el funcionamiento de la imagen de dimensión múltiple están ubicados en el marco de la pantalla.

nd-viewer

Procesamiento

Una vez que se adquiere una imagen multidimensional, se puede analizar mediante las múltiples funciones de procesamiento del software NIS-Elements.

multi-dimensional-image

Multi-dimensional image

orthogonal-image

Orthogonal image

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Volume rendering

Herramientas de DN

Es posible convertir fácilmente a formato ND2 una serie de imágenes adquiridas con lapso de tiempo o captadas con las pilas Z. Las imágenes convertidas pueden visualizarse y procesarse con las funciones para el documento multidimensional de NIS-Elements.

nd-tools

Cuantificación de imágenes

Las innovadoras capacidades de análisis del software NIS-Elements incluyen el recuento de objetos, las mediciones automatizadas, de región de interés y de tiempo como racionamiento e imágenes multicanal.

Segmentación de imágenes

Con los espacios de color RGB o HSI, el software NIS-Elements puede segmentar la imagen y crear imágenes binarias. Mediante la imagen binaria la medición automática registra el largo, el área, el ángulo y la colorimetría.

image-segmentation

Medición automática

Mediante los objetos binarios, el software NIS-Elements puede medir automáticamente conjuntos de parámetros de largo, área, densidad y colorimetría, el software puede medir aproximadamente 30 diferentes características de los objetos.

Medición interactiva

La medición se realiza, por ejemplo, uniendo directamente dos líneas paralelas en pantalla. Las características disponibles son: taxonomía, recuentos, largos, semiejes, área, ángulo o perfil y todas las estadísticas de salida e histogramas se pueden exportar al programa MS Excel.

interactive-measurement

Perfil

Existen cinco posibles mediciones de perfil interactivo: línea libre, línea de dos puntos, línea horizontal, línea vertical y multilínea. 

profile

Clasificador

El clasificador permite segmentar los píxeles de la imagen según las diferentes clases definidas por el usuario y se basa en diferentes características del píxel como valores de intensidad, RGB, HIS o RGB ignorando la intensidad. El clasificador permite almacenar datos en archivos separados.

classifier

Medición de tiempo

La medición de tiempo registra las intensidades promedio de los píxeles dentro de sondas definidas durante un intervalo de tiempo y pueden aplicarse en señales de cámara en vivo.

El software también controla:

  • Fluoróforos sencillos, dobles y múltiples
  • Medición ratiométrica

Procesamiento avanzado de imágenes

Las innovadoras capacidades de procesamiento de imágenes del software NIS-Elements ofrecen más control y funcionalidad a los usuarios en sus experimentos, éstas pueden aplicar métodos de visualización avanzados como conjuntos de datos en 3D, análisis de conjunto de datos en 2D/3D y trazo de imágenes grandes con facilidad relativa mediante el software

Morfología

El software NIS-Elements ofrece un vasto espectro de funciones morfológicas matemáticas (limpiar, erosionar, dilatar, abrir, cerrar, alisar), de separación morfológica, morfología lineal, llenado (llenar orificios, cerrar orificios), esqueletización (eje medio, esqueletizar, poda) y otras funciones (como inversión binaria, envolvente convexa, contorno, esqueletizar, marcado de homotopía, zonas de influencia, etc.).

morphology

(original, contorno, umbral, zonas de influencia + fuente)

Unir canales

Múltiples imágenes de canal sencillo (captadas con diferentes filtros ópticos o bajo diferentes configuraciones de cámara) se pueden unir con tan sólo arrastrar una imagen a otra. Además, las imágenes combinadas pueden almacenarse en un archivo conservando sus profundidades de bits  de forma opcional se pueden convertir en una imagen RGB.

merge-channels

Aritmética de imágenes (A+B/A-B/máx./mín.)

La función de aritmética de imágenes del software NIS-Elements realiza cálculos en los canales de color de dos imágenes y crea una nueva imagen, la cual es una combinación de ambas.

image-arithmetic

Unión de imágenes grandes

El software NIS-Elements incluye impresionantes capacidades de unión de imágenes grandes. Funciona de esta manera: las muestras se visualizan automáticamente con una platina XY motorizada con enfoque automático y las imágenes captadas se unen para formar una más grande. Los algoritmos especiales aseguran la máxima precisión, que genera imágenes de altísima resolución.

image-stiching

EDF (profundidad de campo extendida)

La profundidad de campo extendida (EDF) es un plugin adicional para el software NIS-Elements. Gracias a esta función, las imágenes captadas en un eje Z diferente pueden combinarse para crear una imagen con enfoque completo. Además es posible crear una imagen de estereovisión en 3D y de superficie en 3D para crear una imagen virtual en 3D.

z-stack

Imagen enfocada creada a partir de una secuencia de pila Z

virtual-3d

Imagen virtual en 3D

Deconvolución en 2D en tiempo real

El módulo de deconvolución en 2D en tiempo real (de AutoQuant) permite que el usuario observe muestras vivas con menos desenfoque. Permite observar procesos biológicos casi imperceptibles, que de lo contrario se perderían, además de aumentar la relación señal/ruido observada. Disponible en pilas de imágenes bidimensionales y tridimensionales.

2d-deconvolution

Fotodocumentación

El software NIS-Elements hace que la fotodocumentación con fluorescencia y de campo claro sea fácil e intuitiva, y ofrece extensas funciones de gestión de datos. La interfaz del software está diseñada para simplificar el flujo de trabajo y brindar velocidades altas de adquisición de imágenes mediante la transmisión directa de RAM para registrar eventos biológicos rápidos. Por otro lado, proporciona un completo control sobre los microscopios motorizados de Nikon y otros dispositivos con potentes funciones, como un control de zoom vinculado a la calibración.

Interfaz gráfica seleccionable

El software NIS-Elements cuenta con las distribuciones incorporadas de “pantalla completa” y “controles acoplados”. El usuario puede personalizar la distribución de todas las ventanas y las barras de herramientas libremente y guardarlas. El cambio de distribución se realiza con un solo clic.

full-screen

Pantalla completa

docked

Controles acoplados

Configuración de colores de adquisición

La modificación de colores puede configurarse fácilmente con la LUT (tabla de búsqueda). Los píxeles de colores indexados están proyectados en un conjunto seleccionado de valores de color auténtico. El histograma, umbral, parámetro gama y brillo de los componentes RGB son ajustables. En la interfaz gráfica del usuario es posible modificar fácilmente el procesamiento de imágenes en vivo.

color-setting

Gestión de datos

El software NIS-Elements cuenta con una potente base de datos de imágenes incorporada. La base de datos respalda los metadatos y las imágenes para permitir que los usuarios creen plantillas de informes o informes basados en PDF e impresos directamente. Es posible crear diversas bases de datos, y tablas e imágenes pueden guardarse en la base con un solo clic.

Además es posible filtrar, clasificar y agrupar a través de la funcionalidad de arrastre y soltar de la interfaz gráfica. Existen vistas de detalles disponibles, miniaturas, iconos y cuadrícula en la imagen de la base de datos y las imágenes del sistema de archivos. 

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El software NIS-Elements utiliza una sofisticada estructura de documentación de imágenes que permite lograr el archivado no destructivo de datos de imágenes, que incluye anotaciones (flechas, líneas, notas de texto), datos de medición, datos binarios para almacenar resultados de umbral o procesos de clasificación y metadatos para registrar adquisición y condiciones de los dispositivos al momento de capturar la imagen.

multilayer

Es posible lograr flexibilidad para adaptar el software a aplicaciones específicas con la sencilla grabación de macros incorporada y el generador de macros avanzado.

advanced-macro-building

Generación de informes

El generador de informes permite que el usuario cree informes personalizados con imágenes, descripciones de bases de datos, datos medidos, textos del usuario y gráficos.
Pueden crearse archivos en formato PDF directamente desde el software NIS-Elements.

report-generation


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